Hlavním objektem výzkumu Oddělení ekotoxikologie jsou ekologické a fytotoxikologické aspekty rostlinné produkce v podmínkách globálního a lokálního znečištění antropogenního charakteru, včetně výzkumu zpracování a použití biologicky odbouratelných odpadů v zemědělství a revitalizace narušených zemědělských ekosystémů.

Vědecký výzkum oddělení ekotoxikologie se soustřeďuje na řešení následujících aktuálních problémů:

• zkoumání nového spektra znečišťování ovzduší z hlediska účinků na zemědělské ekosystémy a rostlinnou výrobu;
• vypracování nových metod bioindikace škodlivých účinků znečištěného ovzduší na půdu a rostliny;
• kultivace vytrvalých energetických plodin na antropogenních a málo produkčních půdách pro účely přímého spalování a výroby bioplynu;
• zlepšení technologie kompostování a anaerobní digesce odpadů pro potřeby rozvoje udržitelného zemědělství;
• dosažení vyšší přeměny organických látek a lepší hygieny během procesu kompostování;
• zpracování dvojstupňové technologie anaerobní digesce odpadních vod a následné využití suchého fermentovaného odpadu prostřednictvím aerobní stabilizace s cílem produkce umělého organického hnojiva;
• biosanace a fytoremediace půd a odpadů zamořených různorodými xenobiotickými (rizikovými) látkami;
• rozšíření aplikací GIS a metod dálkového průzkumu pro vyhodnocení výzkumných výsledků;
• rozšíření metod precizního zemědělství za účelem řešení agroekologických problémů;

Oddělení ekotoxikologie je situováno v severních Čechách cca 100 kilometrů od Prahy směrem na západ, poblíž hranice se Spolkovou republikou Německo. Region severních Čech je průmyslovou a energetickou základnou České republiky a, bohužel, jedním z nejvíce antropogenně zdevastovaných regionů v Evropě. V roce 1964 byla výzkumná stanice založena v Chomutově právě proto, že se nachází v centrální oblasti severozápadní průmyslové části České republiky.

Vedoucím odd. ekotoxikologie v Chomutově je ing. Sergej Usťak, CSc.

Výzkum oddělení je zaměřen na sledování cizorodých látek v zemědělských ekosystémech, na způsoby hospodaření na půdách kontaminovaných imisemi a v oblas­tech poškozených důlní a energetickou činností. Oddě­lení koordinuje a metodicky zajišťuje celostátní imisní monitoring resortu Ministerstva zemědělství, zajišťuje a uchovává databázi pro důkazné škodní řízení se znečiš­ťovateli. Součástí pracoviště je analytická laboratoř spe­cializovaná na detekci stopových toxických prvků a labo­ratoř detoxikace odpadů, zabývající se biologickými metodami zneškodnění a recyklace odpadů a fytoremedi­ací půdy. Výzkumná stanice v Chomutově řeší problema­tiku využití antropogenních půd, zejména rekultivova­ných důlních výsypek a složišť popelnatých odpadů a půd pro pěstování netradičních energetických rostlin. Intenzívně se zabývá vývojem technologie anaerobní di­gesce fytomasy na bioplyn a organické hnojivo. Oddělení využívá metod distančního průzkumu Země a geografického informačního systému pro hodnocení dosažených výsledků.

Trvalý výzkum ekofytotoxikologických aspektů rostlinné produkce v podmínkách globálního a lokálního antropogenního znečištění bude nejaktuálnějším předmětem našeho výzkumu v budoucích letech.